國立臺灣大學 | 生命科學院

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師資陣容
專任及合聘教師
兼任教師
于宏燦 (Yu, Hon-Tsen)
職 稱 教授
出生年 1958
最高學歷 美國加州大學柏克萊分校博士
專 長 遺傳、族群遺傳、分子演化、比較基因體學研究
E-mail ayu@ntu.edu.tw
研究室 生命科學館 847 室
電話 02-3366-2456
近年研究主題

1. 小家鼠族群遺傳與分子演化
2. 草蝦基因圖譜與基因體序列演化
3. 以分子遺傳標記研究動物的生活史演化與保育遺傳學
4. 動物腸道菌的多源基因體研究

研究室簡介:演化遺傳研究室

   我們結合演化傳遺傳學的學理和分子生物學的工具 ( 泛稱為分子遺傳標記 ) 來探討動物族群的基因組特性、族群遺傳和演化機制。目前研究的方向有上述四個重點。

(1) 小家鼠族群遺傳與分子演化

我們研究野生小家鼠( Mus musculus )的族群遺傳特性與演化。小家鼠就是實驗小鼠的野生族群。所有的實驗小鼠都源自野生小家鼠族群,經過多世代的近親繁殖,成為純品系。然而實驗小鼠所代表的遺傳變異只是野生族群的一小部份,我們的興趣是探究野生小家鼠的族群遺傳。過去研究包括臺灣野生小家鼠的族群生態、族群遺傳結構、超自私基因 t - 單型 ( t-haplotype ) 的族群遺傳和組織不相容基因 ( MHC ) 的族群遺傳、亞洲地區的小家鼠毛色變異與跳耀基因。關於基因分子演化方面,作過胰島素基因和反轉錄基因的演化。近年轉入研究小家鼠的種化和基因體變異以及分析亞洲小家鼠的雜交帶。

(2) 草蝦基因圖譜與基因體序列演化

基因圖譜 (genetic map) 是研究生物遺傳和基因組最重要的資訊。我們以遺傳標記 microsatellite 、 AFLP 等來建立草蝦的基因圖譜。草蝦是全世界做重要的蝦類養殖物種,故研究草蝦對水產生物技術有直接的貢獻,然而更重要的這個研究使吾人對海洋生物的基因體有進一步的瞭解。同時為了進行功能基因體的分析,我們亦同時建構草蝦基因體的 Fosmid 基因庫。打算以基因圖譜和基因庫為基礎,以生物資訊的工具,分析草蝦基因功能並藉以進行分子育種的工作。

(3) 以分子遺傳標記研究生物的生活史演化與保育遺傳學

我個人一直對動物的生活史研究保持高度的興趣,所以也利用遺傳標記去研究生活史,特別是動物的社群行為、動物和病源體或寄 ( 共 ) 生生物之間的演化,以及從遺傳的觀點去看動物保育的問題。這些研究部分是和其他研究室合作進行的。

過去的研究包含: 遺傳標記的開發、 哺乳類的行為遺傳分析、 蝦類白點症病毒的基因分析 ( 臺大動物所甲殼類研究室合作 ) 、 海洋洄游魚類和珊瑚的族群分析 ( 臺大動物所丘臺生老師與海研所戴昌鳳老師合作 ) 、 淡水魚類的保育遺傳分析、 艾氏樹蛙的行為遺傳分析 ( 東海大學生科系關永才老師合作 ) 、哺乳動物毛色基因適應演化、極端環境的微生物群落分析 ( 如地層深處、酸性熱泉 ) 等。

(4) 動物腸道菌的多源基因體研究

近年積極開拓動物腸道微生物的多源基因體研究。利用新一代高速定序平臺,分析動物腸道菌,包括生態群落分析、親緣多樣性研究、微生物親緣地理研究、功能基因體研究等等。

代表著作

1. Huang, HW, KG Ardlie and HT Yu. 2001. Frequencies and distribution of t-haplotype in the Southeast Asian house mouse (Mus musculus castaneus) in Taiwan. Molecular Ecology 10: 2349-2354.

2. Yu, HT and YH Peng. 2002. Population differentiation and gene flow revealed by microsatellite DNA markers in the house mouse (Mus musculus castaneus) in Taiwan. Zoological Science 19: 475-483

3. Yu, HT, YJ Lee, SW Huang and TS Chiu. 2002. Genetic analysis of the populations of Japanese anchovy (Engraulidae: Engraulis japonica) using microsatellite DNA. Marine Biotechnology 4: 471-479.

4. Floyd J, DGold, D Concepcion, T Poon, X Wang, E Keithley, D Chen, E Ward, RA Friedman, HT Yu, K Moriwaki, T Shiroishi, BA Hamilton. 2003. A natural allele of Nxf1/TAP suppresses retrovirus insertional mutations. Nature Genetics 28, 2003 : 1-8.

5. Huang, SW and HT Yu. 2003. Genetic variation of microsatellite loci in the major histocompatability complex (MHC) region in the Southeast Asian house mouse (Mus musculus castaneus). Genetica 119: 201-218.

6. Huang, SW, R Friedman, N Yu, AHT Yu and WH Li. 2005. How strong is the mutagenicity of recombination in mammals? Molecular Biology and Evolution 22: 426-431.

7. Liu, SYV, CF Dai, TY Fan and HT Yu 2005. Cloning and characterization of microsatellite loci in a gorgonian coral, Junceella juncea (Anthozoa; Octocorallia; Ellisellidae) and its application in clonal genotyping. Marine Biotechnology 7: 26-32.

8. Liu, SYV, HT Yu, TY Fan and CF Dai. 2005. Genotyping the clonal structure of a gorgonian coral, Juncella juncea (Anthozoa: Octocorallia), using microsatellite loci. Coral Reefs 24: 352-358.

9. Motokawa, M, HT Yu and M Harada. 2005. Diversification of the white-toothed shrews of the genus Crocidura (Insectivora: Soricidae) in East and Southeast Asia. Mammal Study 30: S53-S64.

10. Ma, GC, HS Tsao, HP Lu and HT Yu. 2006. AFLPs congruent with morphological differentiation of Asian common minnow Zacco in Taiwan (Pisces: Cyprinidae). Zoologica Scripta 35: 341-351.

11. Rompler, H, HT Yu, A Arnold, A Orth and T Schoneberg. 2006. Functional consequences of naturally occurring DRY motif variants in the mammalian chemoattracting receptor GPR33. Genomics 87: 724-732.

12. Wu, SY, YTK Lin and HT Yu. 2006. Population ecology of the southeastern Asian house mouse (Mus musculus castaneus) inhabiting rice granaries in Taiwan. Zoological Studies 45: 467-474.

13. Wu, SH, M Chen, SC Chin, DJ Lee, PY Wen, LW Chen, BT Wang and HT Yu. 2007. Cytogenetic analysis of the Formosan pangolin, Manis pentadactyla pentadactyla (Mammalia: Pholidota). Zoological Studies 46: 389-396.

14. Chen, YH, HT Yu and YC Kam. 2007. The ecology of parental care in an arboreal breeding frog, Chirixalus eiffingeri (Anura: Rhacophoridae) from Taiwan. Zoological Science 24: 434-440.

15. Jing, M, HT Yu, SH Wu, W Wang and X Zheng. 2007. Phylogenetic relationships in genus Niviventer (Rodentia: Muridae) in China inferred from complete mitochondrial cytochrome b gene. Molecular Phylogenetics and Evolution 44: 521-529.

16. Wang, PL, LH Lin, HT Yu, TW Cheng, SR Song, LW Kuo, EC Yeh, W Lin, and CY Wang. 2007. Cultivation-based characterization of microbial communities associated with deep sedimentary rocks from Taiwan Chelungpu drilling project cores. Terrestrial Atmospheric and Oceanic Sciences 18: 395-412.

17. Shiao, MS, P Khil, RD Camerini-Otero, T Shiroishi, K Moriwaki, HT Yu*, M Long*. 2007. Origins of new male germline functions from x-derived autosomal retrogenes in the mouse. Molecular Biology and Evolution 24: 2242-2253 (* corresponding authors).

18. Lai, YC, T Shiroishi, K Moriwaki, M Motokawa and HT Yu. 2008. Variation of coat color in house mice (Mus musculus) throughout Asia. Journal of Zoology 274: 270-276.

19. Shiao, MS, BY Liao, M Long, and HT Yu. 2008. Adaptive evolution of the insulin two-gene system in mouse. Genetics 178: 1683-1691.

20. You, EM, TS Chiu, KF Liu, A Tassanakajon, S Klinbunga, K Triwitayakorn, de la Pena Leobert , Y Li, HT Yu 2008. Microsatellite and mitochondrial haplotype diversity revealed population differentiation of the tiger shrimp (Penaeus monodon) in Indo-Pacific region. Animal Genetics 39: 267-277.

21. Geraldes, A, P Basset, B Gibson, KL Smith, B Harr, Hon-Tsen Yu, N Bulatova, Y Ziv, MW Nachman 2008 Inferring the history of speciation in house mice from autosomal, X-linked, Y-linked and mitochondrial genes. Molecular Ecology 17: 5349-5363.

22. You, EM, KF Liu, SW Huang, M Chen, SJ Fann, M Groumellec, HT Yu. 2010. Construction of integrated genetic linkage maps of the tiger shrimp (Penaeus monodon) using microsatellite and AFLP markers. Animal Genetics 41: 365-376.

23. Yu, HT, GC Ma, DJ Lee, SC Chin, HS Tsao, SH Wu, SY Shih, M Chen. 2010. Molecular delineation of the Y-borne sry gene in the Formosan pangolin (Manis pentadactyla pentadactyla) and its phylogenetic implications for Pholidota in extant mammals. Theriogenology (on line)


開設課程
205 32300 遺傳學
225 U3250 遺傳與分子演化
225 M0390 分子演化學專題討論
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